Genomic epidemiology of the SARS-CoV-2 epidemic in Brazil

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dc.contributor(NUCEL) Núcleo de Biotecnologiapt_BR
dc.contributor(LCC) Lab. Ciclo Celularpt_BR
dc.contributorLab. Bioquímicapt_BR
dc.contributorLab. Fisiopatologiapt_BR
dc.contributorDiretoria Técnicapt_BR
dc.contributor(LEDM) Lab. Estratégico de Diagnóstico Molecularpt_BR
dc.contributor.authorGiovanetti, Martapt_BR
dc.contributor.authorSlavov, Svetoslav Nanevpt_BR
dc.contributor.authorFonseca, Vagnerpt_BR
dc.contributor.authorPatané, José Salvatore Leisterpt_BR
dc.contributor.authorViala, Vincent Louispt_BR
dc.contributor.authorLima, Loyze Paola Oliveira dept_BR
dc.contributor.authorMartins, Antonio Jorgept_BR
dc.contributor.authorBarros, Claudia Renata dos Santospt_BR
dc.contributor.authorMarqueze, Elaine Cristinapt_BR
dc.contributor.authorBernardino, Jardelina de Souza Todãopt_BR
dc.contributor.authorMoretti, Debora Botequiopt_BR
dc.contributor.authorMachado Neto, Raulpt_BR
dc.contributor.authorHaddad, Ricardopt_BR
dc.contributor.authorSampaio, Sandra Coccuzzopt_BR
dc.contributor.authorElias, Maria Carolinapt_BR
dc.contributor.authorCovas, Dimas Tadeupt_BR
dc.date.accessioned2022-09-23T11:59:11Z-
dc.date.available2022-09-23T11:59:11Z-
dc.date.issued2022pt_BR
dc.identifier.citationGiovanetti M, Slavov SN, Fonseca V, Patané JSL, Viala VL, Lima LPO, et al. Genomic epidemiology of the SARS-CoV-2 epidemic in Brazil. Nat Microbiol. 2022 Sep; 7:1490-1500. doi:10.1038/s41564-022-01191-z.pt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.butantan.gov.br/handle/butantan/4521-
dc.description.abstractThe high numbers of COVID-19 cases and deaths in Brazil have made Latin America an epicentre of the pandemic. SARS-CoV-2 established sustained transmission in Brazil early in the pandemic, but important gaps remain in our understanding of virus transmission dynamics at a national scale. We use 17,135 near-complete genomes sampled from 27 Brazilian states and bordering country Paraguay. From March to November 2020, we detected co-circulation of multiple viral lineages that were linked to multiple importations (predominantly from Europe). After November 2020, we detected large, local transmission clusters within the country. In the absence of effective restriction measures, the epidemic progressed, and in January 2021 there was emergence and onward spread, both within and abroad, of variants of concern and variants under monitoring, including Gamma (P.1) and Zeta (P.2). We also characterized a genomic overview of the epidemic in Paraguay and detected evidence of importation of SARS-CoV-2 ancestor lineages and variants of concern from Brazil. Our findings show that genomic surveillance in Brazil enabled assessment of the real-time spread of emerging SARS-CoV-2 variants.pt_BR
dc.description.sponsorship(FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulopt_BR
dc.description.sponsorship(OPAS) Pan American Health Organizationpt_BR
dc.description.sponsorship(NIH) National Institutes of Healthpt_BR
dc.description.sponsorship(UWARN) United World Antiviral Research Networkpt_BR
dc.description.sponsorship(FIOCRUZ) Fundação Oswaldo Cruzpt_BR
dc.description.sponsorshipMinistério da Saúde do Brasilpt_BR
dc.description.sponsorship(CNPq) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológicopt_BR
dc.description.sponsorship(FAPERJ) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiropt_BR
dc.description.sponsorship(CAPES) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superiorpt_BR
dc.description.sponsorship(AIRC) Associazione Italiana per la Ricerca sul Cancropt_BR
dc.description.sponsorship(ARC) Australian Research Councilpt_BR
dc.description.sponsorship(FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulopt_BR
dc.format.extent1490-1500pt_BR
dc.language.isoEnglishpt_BR
dc.relation.ispartofNature Microbiologypt_BR
dc.rightsOpen accesspt_BR
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by/4.0/pt_BR
dc.titleGenomic epidemiology of the SARS-CoV-2 epidemic in Brazilpt_BR
dc.typeArticlept_BR
dc.rights.licenseCC BYpt_BR
dc.identifier.doi10.1038/s41564-022-01191-zpt_BR
dc.contributor.external(FIOCRUZ) Fundação Oswaldo Cruzpt_BR
dc.contributor.external(UFMG) Universidade Federal de Minas Geraispt_BR
dc.contributor.externalUniversity of Campus Bio-Medico di Romapt_BR
dc.contributor.external(USP) Universidade de São Paulopt_BR
dc.contributor.external(OPAS) Organização Pan-Americana da Saúdept_BR
dc.contributor.externalStellenbosch Universitypt_BR
dc.contributor.external(UKZN) University of KwaZulu-Natalpt_BR
dc.contributor.external(LACEN-MG) Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Geraispt_BR
dc.contributor.external(LACEN-BA) Laboratório Central do Estado da Bahiapt_BR
dc.contributor.external(LACEN) Laboratório Central de Salud Públicapt_BR
dc.contributor.externalUniversidad Nacional del Caaguazúpt_BR
dc.contributor.externalMinisterio de Salud Pública y Bienestar Socialpt_BR
dc.contributor.external(LACEN-MT) Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grossopt_BR
dc.contributor.external(LACEN-MS) Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sulpt_BR
dc.contributor.external(UFMS) Universidade Federal de Mato Grosso do Sulpt_BR
dc.contributor.externalNGS Soluções Genômicaspt_BR
dc.contributor.externalMendelics Análise Genômicapt_BR
dc.contributor.externalLaboratório Antonellopt_BR
dc.contributor.external(UFCSPA) Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegrept_BR
dc.contributor.external(SES-MT) Vigilância em Saúdept_BR
dc.contributor.external(LACEN-PR) Laboratório Central do Estado do Paranápt_BR
dc.contributor.external(UFPR) Universidade Federal do Paranápt_BR
dc.contributor.external(ICC-FIOCRUZ) Instituto Carlos Chagaspt_BR
dc.contributor.external(UNESP) Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filhopt_BR
dc.contributor.external(FAMERP) Faculdade de Medicina de São José do Rio Pretopt_BR
dc.contributor.external(FIOCRUZ) Fundação Oswaldo Cruzpt_BR
dc.contributor.external(CGLAB/SVS-MS) Coordenação Geral de Laboratórios de Saúde Públicapt_BR
dc.contributor.externalUniversity of Oxfordpt_BR
dc.contributor.external(ULISBOA) Universidade de Lisboapt_BR
dc.contributor.external(CAPRISA) Centre for the AIDS Programme of Research in South Africapt_BR
dc.contributor.external(UW) University of Washingtonpt_BR
dc.contributor.external(USYD) University of Sydneypt_BR
dc.identifier.citationvolume7pt_BR
dc.relation.ispartofabbreviatedNat Microbiolpt_BR
dc.identifier.citationabntv. 7, p. 1490-1500, set. 2022pt_BR
dc.identifier.citationvancouver2022 Sep; 7:1490-1500pt_BR
dc.contributor.butantanSlavov, Svetoslav Nanev|:Pesquisador|:(NUCEL) Núcleo de Biotecnologiapt_BR
dc.contributor.butantanPatané, José Salvatore Leister|:Pesquisador|:(LCC) Lab. Ciclo Celularpt_BR
dc.contributor.butantanViala, Vincent Louis|:Pesquisador|:Lab. Bioquímicapt_BR
dc.contributor.butantanLima, Loyze Paola Oliveira de|:Técnico|:(LEDM) Lab. Estratégico de Diagnóstico Molecularpt_BR
dc.contributor.butantanMartins, Antonio Jorge|:Outros|:Diretoria Técnicapt_BR
dc.contributor.butantanBarros, Claudia Renata dos Santos|:Outros|:Diretoria Técnicapt_BR
dc.contributor.butantanMarqueze, Elaine Cristina|:Outros|:Diretoria Técnicapt_BR
dc.contributor.butantanBernardino, Jardelina de Souza Todão|:Técnico|:(LEDM) Lab. Estratégico de Diagnóstico Molecularpt_BR
dc.contributor.butantanMoretti, Debora BotequioMoretti|:Outros|:Diretoria Técnicapt_BR
dc.contributor.butantanMachado Neto, Raul|:Outros|:Diretoria Técnicapt_BR
dc.contributor.butantanHaddad, Ricardo|:Outros|:Diretoria Técnicapt_BR
dc.contributor.butantanSampaio, Sandra Coccuzzo|:Pesquisador|:Lab. Fisiopatologia|:Autor de correspondênciapt_BR
dc.contributor.butantanElias, Maria Carolina|:Pesquisador|:(LCC) Lab. Ciclo Celularpt_BR
dc.contributor.butantanCovas, Dimas Tadeu|:Outros|:Diretoria Técnicapt_BR
dc.sponsorship.butantan(FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo¦¦2020/10127-1pt_BR
dc.sponsorship.butantan(FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo¦¦2020/05367-3pt_BR
dc.sponsorship.butantan(FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo¦¦2013/08135-2pt_BR
dc.sponsorship.butantan(OPAS) Pan American Health Organization¦¦APO21-00010098pt_BR
dc.sponsorship.butantan(NIH) National Institutes of Health¦¦U01 AI151698pt_BR
dc.sponsorship.butantan(UWARN) United World Antiviral Research Network¦¦CRP/BRA20-03pt_BR
dc.sponsorship.butantan(FIOCRUZ) Fundação Oswaldo Cruz¦¦VPGDI-027-FIO-20-2-2-30pt_BR
dc.sponsorship.butantanMinistério da Saúde do Brasil¦¦SCON2021-00180pt_BR
dc.sponsorship.butantan(CNPq) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico¦¦426559/2018-5pt_BR
dc.sponsorship.butantan(FAPERJ) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro¦¦E-26/202.930/2016pt_BR
dc.sponsorship.butantan(FAPERJ) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro¦¦E-26/202.248/2018(238504pt_BR
dc.sponsorship.butantan(FAPERJ) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro¦¦E26/202.665/2019(247400)pt_BR
dc.sponsorship.butantan(CAPES) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior¦¦001pt_BR
dc.sponsorship.butantan(AIRC) Associazione Italiana per la Ricerca sul Cancro¦¦2014–2020pt_BR
dc.sponsorship.butantan(ARC) Australian Research Council¦¦FL170100022pt_BR
dc.sponsorship.butantan(FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo¦¦20/04836-0pt_BR
dc.sponsorship.butantan(NIH) National Institutes of Health¦¦U01AI151807pt_BR
dc.identifier.bvsccBR78.1pt_BR
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